1、介质不同
超声波流量计的流量测量准确度几乎不受被测流体温度、压力、粘度、密度等参数的影响，又可制成非接触及便携式测量仪表，故可解决其它类型仪表所难以测量的强腐蚀性、非导电性、放射性及易燃易爆介质的流量测量问题。
电磁流量计不能测量导电率很低的液体，如石石油制品和有机溶剂等。通用型电磁流量计由于里衬材料限制，不能测量温度较高液体。电磁流量计是通过测量导电液体的速度确定工作状态下的体积流量。按照计量要求，对于液态介质，应测量质量流量，测量介质流量应涉及到流体的密度，不同流体介质具有不同的密度，而且随温度变化。如果电磁流量计转换器不考虑流体密度，仅给出常温状态下的体积流量是不合适的。
2、准确度不同
超声波流量计是通过测量流体速度来确定体积流量，对液体应该测量它的质量流量，仪表测量质量流量是通过体积流量乘以人为设定的密度后得到的，当流体温度变化时，流体密度是变化的，人为设定密度值，不能保证质量流量的准确度。只能在测量流体速度的同时，又测量了流体密度，才能通过运算，得到真实质量流量值。目前广泛使用的国产单声道超声流量标称精度为1%，但在实际应用中，由于现场管道的内径、壁厚、圆度都无法精确测量等诸多因素会使测量准确度超出标称准确度许多，对供水行业的计量来说，超声波流量计的实际测量误差能控制在3%以内就算高准确度了。
电磁流量计的精度可达到0.5%。
3、安装，维护，检定成本不同
超声波流量计适用于大型圆形管道和矩形管道，且原理上不受管径限制，其造价基本上与管径无关。对于大型管道不仅带来方便，可认为在无法实现实流校验的情况下是优先考虑的选择方案。超声流量计可作非接触测量。夹装式换能器超声流量计可无需停流截管安装, 只要在既设管道外部安装换能器即可 。这是超声流量计在工业用流量仪表中具有的独特优点, 因此可作移动性(即非定点固定安装)测量, 适用于管网流动状况评估测定超声流量计为无流动阻挠测量, 无额外压力损失。流量计的仪表系数是可从实际测量管道及声道等几何尺寸计算求得的, 既可采用干法标定, 除带测量管段式外一般不需作实流校验。超声波流量计主要是管外安装和插入式安装，简单方便，可在线拆卸，维护时不需要工艺停车，不影响生产，检定费用低，按**计量检定规程每3年检定1次。
电磁流量计的安装与调试比其它流量计复杂，且要求更严格。变送器和转换器必须配套使用，两者之间不能用两种不同型号的仪表配用。在安装变送器时，从安装地点的选择到具体的安装调试，必须严格按照产品说明书要求进行。安装地点不能有振动，不能有强磁场。在安装时必须使变送器和管道有良好的接触及良好的接地。变送器的电位与被测流体等电位。在使用时，必须排尽测量管中存留的气体，否则会造成较大的测量误差。电磁流量计需要在有电导率的液体条件下安装，而且一般电磁流量计的安装必须截管安装，但是电磁流量计的特点是在符合条件的现场条件下准确度高。电磁流量计拆卸麻烦，必须要求工艺停车，拆卸送检麻烦，如果是0.5％准确度按**计量检定规程每半年需检定1次。
超声波流量计和电磁流量计在不同的环境下各有优势。在小成本作业，对测量准确度要求不高的情况下，宜多使用超声波流量计；在安装﹑维护资金充足，对测量准确度要求高的情况下，应多采用电磁流量计。当然，计量检测人员要认真考察工作环境中对流量计的干扰来源，并采取有效的抗干扰措施。
